Un capitolo doloroso nella storia della band fu la scomparsa del compagno di sempre, Rob Fisher, morto nel 1999 a soli 42 anni a causa di un cancro. Byrne, tuttavia, non abbandonò la musica: continuò a scrivere, registrare e portare in tour il nome dei Naked Eyes negli Stati Uniti e nel resto del mondo. Nel 2006 diede nuova vita al progetto, pubblicando altri due album, fino all’ultimo disco della band, “Disguise the Limit”, uscito nel 2021.