Nel 2009 Merlino lascia la Rai per approdare a La7, dove firma come autrice e conduttrice “Effetto Domino”, approfondimento economico di seconda serata trasmesso fino al 2011. Dal 2011 è ideatrice, autrice e conduttrice del programma che la consacra al grande pubblico: “L’aria che tira”, talk show di attualità e politica che conduce per oltre un decennio, affiancato nel tempo da spin-off come “L’aria che tira stasera” (dal 2014) e “L’aria di domenica” (dal 2020). Sono gli anni in cui Merlino si afferma come una delle conduttrici di riferimento nel giornalismo politico italiano, capace di gestire il confronto con ospiti istituzionali e politici di ogni schieramento. In questo periodo pubblica anche diversi libri, tra cui “La moneta”, “Gli affari nostri” e, nel 2015 con Rizzoli, “Madri. Perché saranno loro a cambiare il Paese”.