LaBeouf, convertitosi al cattolicesimo qualche anno fa, ha avuto diversi problemi con la legge nel corso della sua carriera, tra cui un arresto a New York nel 2017 con l’accusa di aggressione avvenuta durante una diretta streaming.

Nello stesso anno, mentre si trovava in Georgia per le riprese di “The Peanut Butter Falcon”, è stato arrestato per ubriachezza molesta e accusato di disturbo della quiete pubblica e ostruzione alla giustizia, venendo condannato alla libertà vigilata.
Nel 2020, è stato accusato di percosse e furto di lieve entità a Los Angeles.

Nello stesso anno, la cantante e attrice inglese FKA Twigs, il cui vero nome è Tahliah Barnett, ha intentato una causa sostenendo che LaBeouf l’avesse maltrattata fisicamente ed emotivamente durante la loro relazione, causa che si è conclusa con un accordo a luglio.